小智(松本梨花配音)带着皮卡丘(伊克塔尼配音)和同伴们踏上了冒险之旅。在路上，他们遇到了麦雅丽(中川寿子配音)和神奇宝贝胡巴(钉宫理惠配音)。胡巴可以创造神奇的时空循环，带领人们穿梭在不同的地方。位于沙漠腹地的德赛鲁西坦城已经到了。曾经，这里发生过一场巨大的神奇宝贝战争，也正是因为这场战争，这里变成了一片干旱少水的沙漠。在这里，麦雅丽和她的哥哥巴尔扎(藤原龙也配音)走到了一起。大家没想到的是，巴尔扎用一只可怕的魔手拿到了一个瓶子。在错误中，封印被解锁，曾经终结德赛·卢西坦的可怕怪物再次浮出水面，但它的真实身份竟然是超级胡巴(由山田一戏称)。