在纽约市的下水道里，四只小乌龟和一只小老鼠由于接触了含有放射性物质的凝胶而变异成巨大的人类有机体。拉斐尔(乔什·帕斯·乔什·帕斯)、米开朗基罗(米开朗基罗)、多那太罗(利夫·蒂尔登)和他们的领袖达·芬奇(大卫·福尔曼)，这四个勤劳的忍者神龟肩负着为纽约市消除暴力和保障安全的神圣使命。他们勇敢而平等，经过多次的骑士精神，他们在这座城市里与一个神秘的组织结下了不解之缘。这个神秘组织发起了一次突袭。由于寡不敌众，忍者神龟受了重伤。与此同时，他们的老师被神秘组织抓获。