1943年，欧洲战场的局势神秘莫测。卡特兰的外星军队专横傲慢。世界笼罩在恐怖和死亡的阴影中。在关键时刻，一群年轻的女孩站出来对抗邪恶军团。这些年轻女孩被称为“女巫”。自古以来，他们就带头与各种各样的怪物战斗，这些怪物凭借他们的魔力威胁着人类的生存。在由魔法女孩组成的机械化航空步兵的阻挡下，外星军队最终撤退了，女孩们也撤退了，分散在世界各地。美丽的年轻女孩宫藤芳佳(福圆美里配音)就是其中之一。战后，她回到家乡扶桑，成为一名优秀的医生。这一天，扶桑帝国海军学校第一名学生雅夏·服部哲(内田彩配音)来访，并邀请方嘉到欧洲威尼斯公国学习。拥有独特技能的美丽魔法女孩再次从四面八方聚集。当他们玩得开心的时候，他们不知道带着不死族邪恶之心的外星军队正在悄悄接近...